Le Capitanerie di porto hanno sede nei principali porti dello Stato. Contrariamente alle Direzioni Marittime, le Capitanerie (indirizzo telegrafico - Compamare) sono anche "Organi periferici della Marina Militare".
Per i compiti loro affidati sotto tale veste, sono alle dirette dipendenze dello Stato Maggiore della Marina, dei Comandi in Capo di Dipartimento e dei Comandi Militari Marittimi Autonomi, per quanto attiene al concorso nella difesa marittima e costiera, all'esercizio della polizia militare, alla requisizione e noleggio delle navi, ecc.
Per quanto riguarda i "servizi di leva" (attualmente sospesi) e di "mobilitazione" dipendono dalla Direzione Generale della Leva (LEVADIFE).
Inoltre, per ciò che si riferisce alla "sanità marittima", le Capitanerie di Porto ricevono istruzioni dal Ministero del lavoro, della salute e delle politiche sociale, mentre per la "pesca" hanno rapporti col Ministero per le Politiche Agricole e Forestali, relativamente alle "opere portuali" ed alla "conservazione dei porti" sono collegate con i competenti Uffici del genio Civile Opere Marittime (OO.PP.) ed hanno infine, rapporti col Ministero degli Affari Esteri, per il "servizio di emigrazione" nonché con altri "Ministeri ed Enti pubblici" per i numerosi rimanenti settori della loro competenza.
Il Corpo delle Capitanerie di porto svolge compiti funzionali nell'Amministrazione dei trasporti con adeguata presenza lungo il territorio rivierasco nazionale. L'attuazione di importanti riforme che hanno riconosciuto competenze amministrative diffuse alle Regioni (art. 105 del D.lgs. 31 marzo 1998, n. 112 e art. 118, comma 1, della legge 18 ottobre 2001) hanno nel tempo modificato in parte le attribuzioni del Corpo delle Capitanerie di porto. Tuttavia, rimangono ancora presenti rilevanti funzioni amministrative, previste dal Codice della navigazione nonchè in leggi speciali.
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